粗葉榕（Ficus hirta?Vahl）又稱(chēng)五指毛桃，為?？崎艑俚乃幨惩粗参?，是一種具有重要經(jīng)濟(jì)價(jià)值的植物。其根部為淺黃色，有香氣，富含多種生物活性化合物，如黃酮類(lèi)、苯丙素類(lèi)和多糖等，這些成分在植物的抗病能力、適應(yīng)環(huán)境變化以及藥用價(jià)值上都扮演著關(guān)鍵角色。目前，對(duì)粗葉榕的基因組研究仍然相對(duì)較少，尤其是在其特定藥用成分的生物合成途徑方面。盡管已有部分關(guān)于粗葉榕基因組的初步研究報(bào)告，但這些研究大多集中于表型特征或葉綠體基因組，對(duì)于全基因組的深入解析仍顯不足。
中國(guó)科學(xué)院華南植物園于慧研究員團(tuán)隊(duì)利用Illumina，PacBio HiFi及HiC等測(cè)序技術(shù)首次獲得了粗葉榕染色體級(jí)別的基因組圖譜。其基因組總大小約為297.27Mb，scaffoldN50為19.71Mb，其中94.90%的序列被錨定到了13條染色體上。共注釋到132.79Mb的重復(fù)元件，占比基因組的44.67%。通過(guò)從頭預(yù)測(cè)、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和同源基因比對(duì)共鑒定到28,625個(gè)蛋白編碼基因，并成功獲得其中92.39%基因的功能注釋信息。高質(zhì)量的粗葉榕基因組為解析香豆素等次生代謝物生物合成的分子機(jī)制及藥用有效成分的品質(zhì)提升奠定前期基礎(chǔ)。
研究成果以“A high-quality chromosome-level genome assembly of?Ficus hirta”為題，發(fā)表在國(guó)際期刊Scientific Data（《科學(xué)數(shù)據(jù)》）。華南植物園在讀博士研究生黃偉城論文為第一作者，于慧研究員為通訊作者。本研究得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、廣州市和中國(guó)科學(xué)院等項(xiàng)目資助。論文鏈接：https://doi.org/10.1038/s41597-024-03376-z
圖. 粗葉榕的基因組組裝與注釋。a. 基因組大小評(píng)估;b. Hi-C互作熱圖;c. 基因組圈圖
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